При организации сада на крыше может возникнуть целый ряд проблем, например, постоянная высокая влажность. Используемые крыши должны иметь повышенную влагостойкость и как можно более низкое влагопоглощение. Многократные циклы "замораживания-оттаивания", проникающие в структуру утеплителя пары воды и влаги, в конечном результате приводят к утрате теплоизоляционных свойств и разрушению материала. Несущие конструкции используемой крыши должны выдерживать вес почвенного слоя и вес растений, другие эксплуатационные нагрузки, как правило, неравномерно распределенные по площади поверхности, а также ветровые нагрузки.
Кроме обычных разрушающих факторов для любого гидроизоляционного материала добавляются новые: корневые системы растений, микроорганизмы, химические вещества. Как показали исследования, обычная битумная мембрана способна противостоять корням растений не более шести недель. Для повышения устойчивости гидроизоляции, разрабатываются специальные химические препараты - антикорневые добавки, которые вводят в битумно-полимерное вяжущее вещество во время производства гидроизоляционного материала и равномерно распределяют по всей его толщине. Эти препараты делают мембрану совершенно непроницаемой для корней растений. Большинство имеющихся на сегодняшний день битумно-полимерных гидроизоляционных корнестойких материалов для озеленения крыш применяют именно этот способ защиты.
Имеется вариант защиты крыши, при котором на гидроизоляционную мембрану наносят медную фольгу. В нынешних системах озеленения функцию гидроизоляции исполняет полимерная мембрана. Прежде чем установить систему озеленения на крышу старого здания, обязательно нужна экспертиза. Если крыше требуется ремонт, его нужно выполнить до установки системы. Еще одним уязвимым местом зеленых кровель является примыкание к вертикальным поверхностям. Чтобы избежать протекания в этих местах край гидроизоляционного слоя необходимо поднять вдоль вертикальной поверхности. Решение этих проблем лежит в строгом соблюдении проектных требований. Если требования нарушаются, возникают протечки, разрушается конструкция кровли, происходит загнивание грунта и растений, а также высыхание (или вымерзание) растительного слоя. Чаще всего проблемы, возникающие при эксплуатации крыши, происходят из-за неправильного монтажа или неточного расчета нагрузки системы на стропильную конструкцию и плиты перекрытий.
Также проблемы могут возникнуть, если на крышу заносятся ветром семена деревьев, и поэтому необходимо удалять пробившиеся ростки деревьев в зачаточном состоянии. Современные системы озеленения крыш отличаются небольшим весом готовой конструкции и очень простой системой монтажа. Причем на плоской крыше участки сада можно совмещать с различными декоративными элементами, постройками, дорожками.
Наибольшие проблемы с озеленением крыши представляет угол ее наклона. Очень трудно предотвратить сползание грунта на крутых крышах. Поэтому специалисты берутся за озеленение, если угол наклона менее 45°. Крыши с уклоном в 45° озеленяются уже с трудом и при больших затратах. Начиная с уклона в 8°, на козырьке приходится устраивать преграду, предупреждающую соскальзывание грунта, а при 20° ее уже укладывают рядами до конька крыши.