Расположен в левобережье р.Десна (приток р. Днепр), Неруссо-Деснянском полесье, и на территории Трубчевского и Суземского районов Брянской области. Площадь 12186 га. Заповедником был получен биосферный статус ЮНЕСКО с 2001 года в качестве основного ядра биосферного резервата "Неруссо-Деснянское Полесье". В охранной зоне заповедника находится место партизанских стоянок во время Великой Отечественной войны и захоронения партизан. Установлен памятный обелиск.
Большое разнообразие флоры и фауны заповедника объясняется причудливым сочетанием элементов различных географических зон: таежных и широколиственных лесов, лесостепи. По моховым болотам здесь произрастает так называемая ледниковая флора: ива лапландская, болотный мирт, шейхцерия болотная. Богата редкими видами флора заповедника.
Особенно интересны северные орхидеи "Брянского леса". Орхидные имеют сложную биологию развития и одними из первых реагируют на неблагоприятные экологические условия. Поэтому все виды этого семейства подлежат охране. В заповеднике орхидные представлены 19 видами, в том числе такими "редкостями" из Красной книги, как венерин башмачок настоящий, пальчатокоренник балтийский, пыльцеголовник красный, надбородник безлистный, неотианте клобучковая.
Флора сосудистых растений заповедника насчитывает 769 видов. 5 видов растений занесено в Красную книгу РФ: венерин башмачок настоящий, надбородник безлистный, пальчатокоренник балтийский, пальчатокоренник Траунштейнера, пыльцеголовник красный.
Фауна позвоночных животных насчитывает 245 видов, в том числе: млекопитающих - 50; птиц - 153; пресмыкающихся - 6; земноводных - 11; рыб - 24; круглоротых - 1 вид.
Заповедник и сопредельные территории дают спасительный приют многим редким видам животных. В заповеднике находится в безопасности барсук, на заповедной речке Неруссе живут выдры, а многочисленные ручьи и заводи освоены бобрами. Здесь обитает 6 видов птиц , занесенных в Красную книгу. Это - черный аист, змееяд, серый сорокопут и др. Брянский лес - единственное место в Европе, где встречаются все 10 видов европейских дятлов: большой пестрый дятел, средний пестрый, малый пестрый дятел, сирийский, белоспинный, желна, седой, зеленый, трехпалый и вертишейка.
Совершенно обычны такие северные виды птиц, как мохноногий сыч, желна, глухарь. Рядом с этими северянами отлично уживаются южные жители: большая белая цапля и ремез. 12 видов животных занесено в Красную книгу РФ: жук-олень, бабочки аполлон, мнемозина; украинская минога; чёрный аист, змееяд, большой и малый подорлики, серый сорокопут, средний пёстрый дятел; выхухоль, гигантская вечерница.
Птицы: аист чёрный, глухарь, дятел трёхпалый, желна, змееяд, подорлик большой, подорлик малый, сорокопут серый
Млекопитающие: барсук, бобр, выдра, выхухоль