Башкирский заповедник расположен среди гор и бескрайних лесов Южного Урала. В XVIII веке эта местность была покрыта красивейшими лесами с разноцветными цветущими лугами. Люди, живущие на этой территории вырубали и сжигали леса, убивали животных, вытаптывали поля и уже в начале XX века возникла реальная опасность полного уничтожения природных экосистем. Башкирский заповедник был создан в 1930 г. , в 1951 г., он был ликвидирован, и началось хищническое истребление леса. Только через 7 лет Башкирский заповедник был восстановлен. Его площадь составляет почти 50 тыс. га.
Природа заповедника формировалась в течение длительного периода. Изначально на этой территории была песочная равнина, на которой росли вечнозеленые тропические леса. В период горообразования Южный Урал превратился в горную страну. Затем наступило похолодание и вечнозеленые леса превратились в хвойные. После отступления ледника и наступления более теплого климата на хребтах заповедника стала появляться степная растительность.
Рельеф территории формировался под воздействием эрозионных процессов, наиболее активно они проявились в вершинах оврагов и долин. На вершинах и склонах самых крупных хребтов присутствуют седловины, холмы, бугры, появившиеся при выветривании пород. Нередки также и карстовые явления. В отвесных скалах, выходящих прямо из воды нередко видны закарстовые расщелины. Интересно строение горных хребтов. Саргаинский хребет вытянут с севера на юг, имеет плоскую вершину шириной 2,5 км.
Он покрыт степями, редколесьями и остепененными борами. Впечатляет также узловая система хребтов, особенно если смотреть с самой высокой точки этого узла. Можно увидеть гигантскую каменную звезду, от вершины которой расходятся лучи-хребты желтоватого цвета, переходящие на склонах в зелень лесов и темно-зеленую глубину логов, по их дну текут речки и ручьи. Главная река заповедника - Южный Узян отличается быстрым течением, а в некоторых местах с изобилием валунов. Притоки рек Большого Кизила и Саксара имеют типично горный характер: стремительный поток с чистой прозрачной водой. Во время таяния снегов или при обильных дождях вода в река становится мутной от ила и растворенных органических веществ, выходит из берегов и устремляется стремительным потоком, снося все на своем пути. Речные долины большинства рек имеют вид глубоких диких ущелий.
Климат заповедника континентальный отличается суровостью. Жарких дней бывает мало, а ночи даже летом, как правило холодные. Часты бывают весенние и ранние осенние заморозки, а самая низкая температура может быть в марте. Безморозный период может длиться всего дин месяц. Дождей больше всего в июле и августе, а снег выпадает в ноябре и декабре, причем высота снежного покрова на всей территории заповедника неодинакова. Наибольшей высоты она достигает на северных склонах, в логах и долинах. Большинство почв заповедника маломощны и малогумусны.
Флора заповедника включает 609 видов растений. Реликтовых растений немного, они составляют 6% всей флоры. К растениям занесенным в Красную книгу СССР относят минуарцию Гельма, пыльцеголовник красный, башмачок настоящий, башмачок крупноцветковый, келерию жестколистная. Здесь присутствуют также растения редкие для всего Южного Урала или самого заповедника: гнездовка настоящая, любка двулистная, тюльпан Биберштейна, тюльпан раскрытый, опасность уничтожения которых на Урале очень велика. В логах и по долинам рек тянутся черемухо-ольховые заросли или таволговые березняки. Внизу рек растут смешанные леса с преобладанием берез и осин, а также сосен. Травяной покров состоит из высокотравья, а в их тени прячутся маленькие тенелюбивые травы. На более высоких участках преобладают светлохвойные и мелколиственные леса. В низкогорье Южного Крака растут широкотравно-злаковые сосняки. А в растительном покрове низкогорий Уралтау преобладают пышные березняки и осинники. В травяном покрове присутствуют как лесные травы, так и луговые. Весной цветут розовато-лиловые сочевичники, синие медуницы, бледно-желтые крупночашечные примулы, а ближе к опушкам ярко желтеют купальницы и адонис сибирский, голубеют фиалки. Деятельность человека оставила глубокий след на растительности заповедника. Там, глее раньше были леса теперь сформировались луга. Причем на месте недавно выведенных лесов, формировались пышные лесные луга с высокими травами и яркими разнообразными цветами.
На таких лугах обычны живокость высокая с ярко-синими соцветиями, скерда сибирская с желтыми крупными корзинками, много борщевика сибирского, ребро плодника уральского, володушки золотистой, серпухи коронованной, борца высокого, чемерицы Лобеля, растут лугово-лесные злаки: коротконожка перистая, вейник тростниковидный, пырей ползучий, ежа сборная, тимофеевка луговая, овсяница луговая. В более старых лугах главенствующую роль играют луговые растения. Особый красочность им придают нивяник обыкновенный и колокольчик персиколистный, многоцветье дополняется желтизной подмаренника настоящего, льнянки обыкновенной, лапчаток Гольдбаха и прямой, лютика многоцветкового, лиловыми куртинами душицы обыкновенной, голубизной вероник и синевой змееголовника Рюйша, белым узором мелких цветков звездчатки злаколистной, белыми душистыми кистями таволги шестилепестной. А местами пламенеют карминно-красные соцветия зорьки, или татарского мыла, вплетены травянистые луговые лианы - вика, мышиный горошек, чина луговая. В зеленомошных сосняках находится много черники. Осенью в сосновом редколесье встречается много разных грибов.
На территории заповедника Башкирский и Шульган-Таш живет 273 вида позвоночных животных, 27 видов рыб, 4 вида земноводных, 6 - пресмыкающихся, 180 видов птиц. Самостоятельно на территорию заповедника вселились кабан и ондатра, а марал и американская норка были специально завезены. Из насекомоядных обычен еж, обитающий по всей территории заповедника, а в лесах живет обыкновенная бурозубка, в горных степях встречается средняя бурозубка, в речках - куторы. Многие дупла в лесах заняты летучими мышами. В пустотах и нишах скал остаются на всю зиму ушан и северный кожанок. Грызуны - самые многочисленные обитатели лесов и суходольных лугов. В старых дубняках и липняках прячутся белки, летяги, бурундуки. В горных луговых степях встречаются хомяки и заяц-беляк. По берегам средних и мелких рек обитают выдры и американские норки, а также европейские норки. В лесах Прибельского участка встречается барсуки, использующие скалы, ниши и пещеры для укрытия от врагов.
Из копытных в заповеднике обитают лоси, косули, кабаны и маралы. В 40-х годах здесь обитало около 150 особей косуль, но суровость климата привела к резкому снижению их численности, и на сегодняшний день в заповеднике обитает не более нескольких десятков косуль. Лоси в заповеднике в основном зимуют, на лето остаются всего 10-20 особей. Обитают в основном на остепененных участках, где кормятся можжевельником, в лесах лоси практически отсутствуют, так как там они наиболее уязвимы для волков. На сегодняшний день маралы заселили все пригодные для их жизни территории. В зависимости от погодных условий мигрируют из лесов на луга, а зимой перебираются в степи. К концу зимы они слабеют от холода и голода и становятся легкой добычей для волков. В послевоенные годы с волками вели активную борьбу, и они почти полностью были истреблены. На сегодняшний день в заповеднике обитает 5-7 волков. В широколиственных лесах обитает много медведей. Выйдя из берлог они направляются в речные долины, где питаются первой зеленью. Затем переселяются в широколиственный лес, в сентябре питаются рябиной, желудями, овсом, ягодами черемухи и смородины. В хвойных лесах обитает 15-20 рысей, они охотятся на зайцев, глухарей, тетерев или грызунов и куниц. По всему заповеднику встречаются лисицы.
Среди зимующих в заповеднике птиц можно выделить свиристель, рогатого жаворонка, обыкновенную и тундряную чечетки, ястребиную сову. Среди летних залетных птиц выделяют: чомгу, серого гуся, белую лазоревку, сибирскую завирушку, овсянок, сизоворонка, удода, розового скворца, пуночку, зимняка, белую сову, белую куропатку, кедровку. Скопа, беркут, орел-могильник, сапсан, осоед, черный аист занесены в Красную книгу России. Около водоемов обитает разнообразные утки и кулики. В древено-кустарниковых зарослях живет множество воробьиных. В долине р. Белой можно слышать до 5 соловьев. Среди пернатых хищников в заповеднике встречаются канюки, обыкновенная и бородатая неясыти, ушастые совы, ястребы-тетеревятники и перепелятники, орлы, филины, пустельги, сапсаны, совки-сплюшки. В сосняках обитают разнообразные жаворонки.
Из амфибий обычны травяная и остромордая лягушки, серая жаба, гребенчатый тритон. Все виды рептилий достаточно обычны для заповедника, среди них преобладают гадюка, обыкновенный уж, медянка, живородящая и прыткая ящерицы, веретеница. Реки заповедника богаты разнообразной рыбой. Самые многочисленные гольяны, хариусы, таймени, налимы, пескари, жерехи, окуни и голавли. В зарослях ивняков группируются лещи, щуки, плотва. Ранее в заповеднике была многочисленна форель. Бабочек в заповеднике более 600 видов. В прошлом на территории заповедника было очень развито пчеловодство. Но и сегодня дикие башкирские бортевые пчелы встречаются в липовых лесах. В лесах многочисленны шершни и складчатокрылые осы, а также жук-олень, красотел, дубовый усач, дубовый коконопряд, встречается малиновая орденская лента.
Птицы: беркут, глухарь, могильник, неясыть, неясыть бородатая, осоед, скопа, сова белая, сова ушастая, сова ястребиная, тетерев, чечётка, ястреб-перепелятник, ястреб-тетеревятник
Млекопитающие: бурозубка, бурозубка малая, бурундук сибирский, волк, заяц-беляк, кабан, косуля, кутора водяная, летяга, лось, медведь бурый, олень благородный, ондатра, уша
Насекомые: жук-олень, красотел бронзовый
Пресмыкающиеся или рептилии: веретеница, гадюка, медянка, уж, ящерица живородящая
Рыбы костные: голавль, жерех, налим, таймень, хариус
Земноводные: жаба серая, лягушка остромордая, лягушка травяная, тритон