Государственный природный заповедник "Джергинский" образован в августе 1992 г. на площади 238,088 тыс. га с целью сохранения в естественном состоянии природного комплекса истоков реки Баргузин и Икатского хребта. Территориально он расположен в Северо-Восточном Прибайкалье.
Заповедник был создан по инициативе государственных органов Курумканского района на базе существовавшего с 1974 г. местного охотничьего заказника "Джергинский" Бурятского охотпромуправления Главохоты РСФСР. Площадь заказника, составлявшая 42,2 тыс. га, была расширена за счет прилежащих земель Минлесхоза Бурятии.
Летом 1990 г. было принято постановление Совета Министров Бурятской АССР об организации Джергинского заповедника, а год спустя -соответствующее постановление Совета Министров РСФСР. Первоначально заповедник подчинялся Министерству экологии и природных ресурсов Российской Федерации, а в дальнейшем Государственному комитету по охране окружающей среды (Госкомэкология РФ). В 2000 г., ввиду упразднения этого ведомства, Джергинский заповедник подчинен Министерству природных ресурсов Российской Федерации.
Джергинский заповедник охватывает верховья реки Баргузин на стыке Баргузинского, Икатского и Южно-Муйско-го хребтов. Для современного рельефа территории характерны значительное расчленение и приподнятость над уровнем моря. Центральная, северная и северо-восточная части заповедника заняты горными сооружениями Баргузинского и сводово-глыбовыми поднятиями Икатского хребтов, а южную и юго-западную его части занимает северо-западный склон Икатского хребта. Здесь же начинается Баргузинская котловина. Баргузинский хребет в пределах заповедника представляет собой высокогорную резко расчлененную область без четко выраженного водораздельного гребня с несколькими ступенями.
Первая (низкогорная) ступень расположена в высотном поясе в пределах 600-1000 м. Вторая (среднегорная) ступень выделяется в интервале высот от 1000 до 1600-1800 м. Третья, самая верхняя ступень хребта представлена высокогорным экзарационным рельефом: карами, карлингами, пилообразными гребнями и трогами. Здесь хребет имеет максимальные высоты 2300-2500 м. Характерной особенностью морфологии Икатского хребта является асимметрия склонов. Баргузинская котловина вклинивается в территорию заповедника своим северным окончанием в виде небольшого расширения от 5-6 до 10-12 км. Пойменная часть котловины изрезана небольшими старицами и занята озерками, термокарстовыми воронками, блюдцами, заболоченными низинами.
Влияние Байкала здесь практически не сказывается. Продолжительность безморозного периода в среднем 83 дня. Средние температуры июля - +10-18,3°С, в центральных районах Баргузинской котловины - + 18,2-19,2°С (Татарников, 1993). Осень (сентябрь-октябрь) более влажная и холодная, чем весна (Жуков, 1965). Средняя температура года - -0,5°С. Минимальная температура воздуха отмечается в январе, в отдельные годы она опускается до -50-57°С. Самый теплый месяц - июль, его максимальная температура +30-35°С. Таким образом, амплитуда между абсолютными минимальными и максимальными температурами достигает 92°С. Горный рельеф заповедника определяет крайнюю неравномерность в распределении осадков.
Таксономический состав флоры заповедника изучен крайне неравномерно. Отсутствуют инвентаризационные работы по грибам и водорослям, крайне мало данных о лишайниках и мохообразных. В частности, к настоящему времени для заповедника приводится 56 видов лишайников из 17 родов и 13 семейств, 114 видов мохообразных из 64 родов и 34 семейств. Более подробные, но еще далеко не полные сведения имеются о флоре сосудистых растений. На данный момент в заповеднике выявлено более 650 видов сосудистых растений, относящихся более чем к 200 родам и 70 семействам. Несмотря на пока еще неполную изученность, во флоре сосудистых растений заповедника отчетливо проявляется ее бореальный и альпийско-арктоальпийский характер. На территории заповедника отмечено 5 видов сосудистых растений, ранее занесенных в Красную книгу РСФСР: башмачки настоящий и крупноцветковый, надбородник безлистный, мертензия мелкопильчатая, полушник щетинковидный.
Лиственничные леса (из лиственницы Гмелина), представляя собой один из наиболее характерных компонентов растительного покрова заповедника, отличаются довольно высоким типологическим разнообразием. Типичными для среднегорной полосы лиственничных лесов являются багульниковые (с багульником болотным) и зеленомошные, занимающие склоны теневых экспозиций и подгорные шлейфы; брусничные, рододендроново-брусничные (с подлеском из рододендрона даурского) и разнотравно-злаковые на склонах южных румбов. Верхнюю полосу лесного пояса обычно образуют моховые и лишайниковые лиственничные редколесья, нередко с ярусом из кедрового стланика или березы растопыренной. В долинах мелких водотоков, на всем протяжении лесного пояса, но особенно - в их верхнем течении, в лиственничниках формируется подлесок из ольхи кустарниковой (душекии), иногда довольно густой. Оценивая растительность в целом, можно сказать, что благодаря своему географическому положению территория заповедника "Джергинский" охватывает значительную часть ландшафтного разнообразия Северного Забайкалья и даже Восточной Сибири с присущими им флороценотическими комплексами. При этом здесь наблюдается отмечаемое для Северного Забайкалья сочетание флороценотических комплексов "западного", "восточноазиатского" и "южного" (дауро-монгольского) типов.
В настоящее время на территории заповедника отмечен 201 вид позвоночных животных: рыб 6 видов, земноводных - 3, пресмыкающихся - 4, птиц - 145, млекопитающих - 43. Фауна беспозвоночных животных сравнительно слабо изучена. Она составляет пока 839 видов насекомых, 164 вида пауков. Ихтиофауну водоемов верховьев р. Баргузин представляют в основном озерно-речные виды - хариус, ленок и речной гольян, реже встречаются таймень и налим. Проведенные в июле 1995 г., морфобиологические исследования хариуса, ленка и тайменя в верховьях р. Баргузин и оз. Балан-Тамур показали, что в горной части р. Баргузин обитает типичная речная форма восточно-сибирского хариуса.
Орнитофауна заповедника имеет ярко выраженный горно-таежный характер. Основное ядро населения горной тайги составляют типичные лесные (таежные) виды: рябчик, большая горлица, глухая кукушка, иглохвостый стриж, желна, пестрый дятел, пятнистый конек, кедровка, кукша, сойка, пеночки - таловка, зарничка, зеленая, корольковая, бурая, толстоклювая, мухоловки - малая, серая, сибирская, ширококлювая, краснозобый дрозд, буроголовая гаичка, обыкновенный поползень, клесты - обыкновенный и белокрылый, полярная овсянка и др. К числу редких птиц данного природного комплекса относятся вальдшнеп, хищники - сапсан, чеглок, дербник, филин, ушастая сова, ястребиная сова, длиннохвостая и бородатая неясыти, сплюшка, мохноногий сыч, большая часть которых занесена в Красную книгу Бурятии. Обитателями редких в заповеднике горно-долинных темнохвойных лесов являются желтоголовый королек и желтобровая овсянка - птицы, которые находят здесь предел своего распространения. Лиственничное горное редколесье у верхней границы леса и в подгольцовье населяют такие редкие периферийные виды, как сероголовая гаичка и сибирская чечевица. Горный дупель - редкий для заповедника вид. Своеобразно население птиц водоемов заповедника. Большинство описываемых озер расположены в высокогорном поясе, частично захватывая верхнюю границу леса. На озерах отмечено гнездование чернозобой гагары, лебедя-кликуна, кряквы, черной кряквы, чирков-свистунков и трескунков, свиязи, широконоски, хохлатой чернети, каменушки, обыкновенного гоголя, горбоносого турпана, лутка, большого крохаля, фифи, большого улита, сизой чайки, речной крачки и др.
Млекопитающие на территории заповедника представлены 43 видами. Здесь обитает 8 видов землероек, которые населяют лесные местообитания и связаны с богатой лесной подстилкой. Фауна рукокрылых сравнительно бедна. Отмечены два широко распространенных вида - бурый ушан и северный кожанок, слабо изученные и редкие не только на территории заповедника, но и в регионе. Распространены они в верхней части Баргузинской котловины в лесостепных участках. Из зайцеобразных в заповеднике распространены заяц-беляк и северная пищуха. Грызуны - наиболее многочисленная группа, представленная 15 видами (летяга, обыкновенная белка, азиатский бурундук, длиннохвостый суслик, черношапочный (камчатский) сурок, лесная мышовка, восточно-азиатская мышь, мышь-малютка, барабинский хомячок, ондатра, большеухая, красно-серая, красная, большая полевки, полевка-экономка). Летяга на территории заповедника довольно обычна и часто встречается вдоль русел рек и ключей, что обусловлено наличием здесь дуплистых высокоствольных деревьев. Белка и бурундук занимают все типы лесов. Из 14 видов хищных зверей, известных для территории заповедника, 10 встречаются постоянно и занимают обширные территории. Так, волк распространен по всей территории заповедника. Лисица малочисленна и встречается в нижнем течении р. Джирги и по р. Баргузин в окрестностях острова Умхей, далеко в глубь заповедника не заходит. Бурый медведь распространен по всей исследуемой территории. Весной иногда образует скопления на крутых склонах по правобережью р. Ковыли. В годы обильного урожая кедрового стланика медведи собираются в подгольцовом поясе. Следы пребывания соболей отмечены практически по всей территории заповедника. Росомаха встречается практически во всех биотопах. Горностай и ласка немногочисленны, второй вид более привязан к пойменным стациям. Колонок занимает нижние и средние части гор и держится преимущественно по руслам рек и ключей, занимая уремные стации. Выдра - вид, занесенный в Красную книгу Бурятии, - отмечена здесь по всем крупным рекам.
Уникальна фауна чешуекрылых заповедника и его окрестностей. Так, на территории заповедника в нижнем течении р. Джирга отмечена черная медведица Парусник махаон распространен в заповеднике повсеместно, но повсюду малочислен. Аполлон - найден в нижнем течении р. Джирга.
Птицы: горлица большая, желна, сова ушастая, сова ястребиная, сокол сапсан, чеглок
Млекопитающие: горностай, колонок, летяга, медведь бурый, ондатра, росомаха
Рыбы костные: ленок, таймень, хариус сибирский
Насекомые: аполлон, махаон