Расположен в Усть-Коксинском районе Республики Алтай. Создан в 1991 году. Площадь - 151637 га. Территория заповедника входит в Центрально-Алтайскую физико-географическую провинцию, включает в себя южные, и в меньшей степени северные склоны Катунского хребта и северные склоны хребта Листвяга. Особенностью Катунского заповедника следует считать и то, что его территория значительно удалена от ближайших населенных пунктов (от 20 до 100 км). Сопредельные с заповедником территории в настоящее время, несмотря на ведущуюся хозяйственную деятельность, представляют собой генетически однородные природные комплексы и существенно дополняют ландшафтное и видовое разнообразие заповедной территории.
Необходимо также отметить, что на сопредельных с заповедной территориях организованы ООПТ - природный парк "Белуха" (Российская Федерация, объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО) и Катон-Карагайский национальный парк (Республика Казахстан). Суммарно площадь заповедника и слабо измененных антропогенной деятельностью природных комплексов сопредельных территорий на расстоянии до 20 км от границ заповедника составляет более 400 тыс. га, что достаточно для сохранения природных комплексов в течение неопределенно долгого времени.
Катунский заповедник признан на международном уровне: в 1998 году заповедник в составе единого территориального объекта "Алтай - Золотые горы" включен в список Всемирного природного наследия ЮНЕСКО, в 2000 году заповеднику присвоен статус биосферного резервата ЮНЕСКО.
Исследования фауны Катунского заповедника началось лишь со второй половины нашего века. Но изучение животного мира Центрального Алтая, включая и территорию будущего Катунского заповедника, началось несколько раньше. К наиболее значимым относятся экспедиции П.П. Сушкина (1938), который специально с орнитологическими целями посетил Алтай в 1912-1914 гг.
Маршрут его экспедиции не пролегал по интересующей нас территории, но проходил, в том числе, и в Центральном Алтае. В связи с этим целесообразно предположить нахождение ряда видов птиц и на прилежащей к изученной территории Центрального Алтая. С 60-х годов фрагментарные фаунистические, а с 1975 - постоянные исследования сезонной динамики в населении животного мира Центрального Алтая проводят Ю.П. и Н.П. Малковы.
Абсолютные высоты изменяются от 1300 до 3280 м над ур. м., средняя высота территории составляет 2110 м, что позволяет отнести Катунский заповедник к числу самых высокогорных заповедников России. Важнейшей природной особенностью Катунского заповедника является наличие на его территории ледников, снежников и высокогорных озер.
На территории заповедника формируется значительная часть стока Катуни, основной водной артерии Горного Алтая. В Катунском заповеднике находится большая часть Западно-Катунского центра оледенения, насчитывающего 148 ледников общей площадью 79,8 км2. Деятельность древних и современных ледников зафиксирована в островершинных пиках, карах и корытообразных долинах с множеством красивейших озер.
Климат резкоконтинентальный. Реки имеют горный характер, как правило, у них крутые отвесные склоны, а днища долин и русла водотоков заполнены валунами, галечником. Протяженность речной сети в заповеднике - 1200,2 км, густота речной сети 0,79 км/км2. На территории заповедника расположено 135 высокогорных озер преимущественно карового происхождения площадью 0,9 га и более.
Растительный покров представлен большим разнообразием степных, луговых, лесных и высокогорных сообществ, закономерно сменяющих друг друга и образующих характерную структуру высотной поясности. Примерное равное участие лугов и лесов в сложении нижнего пояса и широкое развитие высокогорной растительности гумидного типа определяет уникальность Катунского биосферного заповедника в ряду заповедников России. Несмотря на высокогорное положение биологическое разнообразие территории заповедника следует признать удовлетворительным: выявлено 663 вида высших сосудистых растений, 215 видов мхов, 793 вида лишайников, 264 вида шляпочных грибов.
В фауне горнотаежных лесов обычны косуля, марал, медведь, соболь. В заповеднике обитает 51 вид млекопитающих, 132 вида птиц, 3 вида пресмыкающихся, 1 вид земноводных, 8 видов рыб, в т.ч. внесенные в Красную книгу РФ снежный барс, черный аист, скопа, балобан, сапсан, беркут, черный гриф. В целом это вполне сопоставимо с биологическим разнообразием большинства заповедников России.
Птицы: аист чёрный, гриф чёрный
Млекопитающие: ирбис, косуля, олень благородный, соболь