Государственный природный заповедник "Кузнецкий Алатау" расположен на востоке Кемеровской области в наиболее высокой части одноименного хребта. Общая его площадь в настоящее время - 412900 га. Протяженность границ около 400 км. Заповедник учрежден постановлением Совета Министров РСФСР в конце декабря 1989 года, первоначальная его площадь составляла 455,5 тыс.га.
Создание заповедника в Кемеровской области предлагалось неоднократно в нескольких вариантах. Основным аргументом за создание заповедника выдвигалась проблема сохранения водных ресурсов и биоразнообразия Кемеровской области. Уже после того, как заповедник "Кузнецкий Алатау" был официально создан, Западно-Сибирской экспедицией Главохоты РСФСР проводились лесоустроительные работы с уточнением его границ и его буферной зоны, при этом территория была частично изменена, а площадь сокращена с 455 тыс.га до нынешней (412,9 тыс.га). Таким образом, процесс создания и устройства данного заповедника длился почти десять лет.
Горная система Кузнецкого Алатау занимает около одной трети Кемеровской области. Не представляя собой единого хребта, она сочетает в себе горные массивы средней высоты, разобщенные глубокими речными долинами. Наибольшее расчленение Кузнецкого Алатау наблюдается в его южной части, в районе хребтов, расположенных в верховьях рек Усы, Черного и Белого Июса, Верхней и Средней Терсей. Многообразие форм рельефа Кузнецкого Алатау в значительной мере является результатом его сложной геологической истории и неоднородности состава пород, слагающих хребет.
Климатические условия района до недавнего времени изучались крайне неравномерно. Наибольшие средние месячные скорости ветра наблюдаются в холодный период года и особенно в переходные сезоны. Весной и осенью заметно возрастает повторяемость ветров со скоростью более 10-15 м/с. Наиболее велики скорости на вершинах гор. Здесь весьма часты ветры со скоростью более 25-30 м/с, а их максимальные скорости предположительно могут достигать 60-70 м/с. В летнее время нередки ураганные ветры со скоростью, превышающей 30-34 м/с. Самый теплый месяц в большинстве случаев - июль. Температуры воздуха в июне и августе почти одинаковы.
Фауна млекопитающих Кузнецкого Алатау включает в себя 65 видов. В том числе: насекомоядные - 11; рукокрылые - 9; грызуны - 24; зайцеобразные - 3; хищные - 13; копытные - 5 видов. Ядро териофауны Кузнецкого Алатау составляют таёжные формы. Это бурозубка крошечная, крупнозубая, бурая, крот алтайский, бурундук, красно-серая полевка и др. Широко представлены также красная и обыкновенная полевка, барсук, выдра, бурый медведь, лисица обыкновенная, волк и лось. Таким образом, в пределах Кузнецкого Алатау представлен обедненный комплекс млекопитающих, характерных для Алтае-Саянской горной системы в целом.
Особенностью Кузнецкого Алатау может считаться исключительный по высоте для региона снежный покров, достигающий в среднем по территории заповедника 3-5 метров, а в межгорных впадинах и надувах - до 10-15 м. Таким образом здесь формируются хорошие кормовые условия для копытных, прежде всего северного оленя, а также бурого медведя, встречающегося в гольцах на молодой зелени вплоть до осени. Высоким снежным покровом обусловлено также и непромерзание почв в основных ландшафтах хребта, что позволяет успешно зимовать кроту и околоводным видам - выдре, норке, ондатре и бобру. В тоже время фауна млекопитающих Кузнецкого Алатау, расположенного в наиболее густонаселенной части Сибири - Кузбассе - подвергается сильнейшему воздействию антропогенных факторов. Прежде всего это пресс незаконной охоты, наиболее серьезно сказывающийся на кочующих видах, таких, как косуля, лось, марал. Численность последних в заповеднике и на прилегающей территории невысока.
Режим охраны заповедника позволяет эффективно охранять популяции некочующих видов, таких, как соболь (плотность населения его в целом по территории стабильна вот уже в течение четырех лет), околоводных видов, растет численность северного оленя, но в сохранении сезонно мигрирующих копытных роль его ограниченна. В результате орнитологических исследований хребта Кузнецкий Алатау и, в частности, инвентаризации орнитофауны заповедника, были зарегистрированы 273 вида птиц, из них 209 гнездящихся в Кузнецком Алатау и 194 вида, гнездящихся на территории заповедника (Васильченко, Гагина, 1999). К редким видам птиц относится черный аист, широко распространенный по всей лесной территории заповедника. С 1995 г. отмечен факт гнездования скопы на Нижней Терси. В 1999 этот вид зафиксирован на Средней Терси. Беркут гнездится на территории заповедника - найдено 2 гнезда. Сапсан гнездится на остроконечных скалах по рекам Кия, Средняя Терсь. Найден на гнездовье в субальпийском поясе балобан, в разреженных лесах обитают хохлатый осоед и дербник.
Орел-карлик гнездится в средней и нижней части рек. За последнее время редки стали филин, воробьиный сыч, сплюшка, ушастая сова, длиннохвостая неясыть, ястребиная сова. Всего в заповеднике насчитывают 41 вид редких и малоизученных птиц, а также тех, численность которых сокращается. Типичными оседлыми обитателями черневой тайги являются: глухарь, кедровка, сойка, кукша, поползень, буроголовая и черноголовая гаички, длиннохвостая синица, желна, большой пестрый, седой, малый и белоспинный дятлы. На горных реках самым обычным видом является большой крохаль, а по старицам и тихим протокам гнездятся чирки-свистунки, чирки-трескунки, реже кряквы, шилохвости. Совсем редки касатки. На горных и лесных озерках обитают гоголи, горбоносые турпаны, хохлатая чернеть. Из хищников самым многочисленным видом здесь является черный коршун. Для кедровых и пихтовых редколесий характерны дрозды: рябинник, сибирский, бледный, краснозобый, певчий, а также варакушка, бурая пеночка, полевой лунь.
Фауна рыб заповедника состоит из 13 видов. Это многочисленный в горных реках сибирский хариус, а также некогда обычные ленок и таймень, ставшие теперь достаточно редкими. Численность рыб - обитателей медленно текущих вод - в заповеднике невысока. Щука, шиповка обыкновенная, окунь и налим отмечены только в верховьях р. Кии. Широко распространены елец сибирский, гольян речной, пескарь сибирский, голец сибирский и подкаменьщик пестроногий. В верховьях р. Средняя Терсь (устье р. Воскресенки) обнаружен редкий и крайне слабо изученный вид круглоротых - сибирская минога.
В отрогах Кузнецкого Алатау встречается 5 видов амфибий, однако на территории заповедника отмечены только две - серая жаба и остромордая лягушка. Из шести видов рептилий Кемеровской области в пределах заповедника обнаружены пока только два - живородящая ящерица и обыкновенная гадюка.
Птицы: аист чёрный, беркут, неясыть, орёл-карлик, сова ушастая, сова ястребиная, сыч мохноногий
Млекопитающие: бурозубка бурая, бурозубка крошечная, волк, выдра, косуля, крот алтайский, лось, медведь бурый, олень благородный, олень северный, ондатра, соболь