Юганский заповедник расположен в центре Западно-Сибирской равнины, в подзоне средней тайги. Территория заповедника включает часть бассейнов рек Негусъях и Малый Юган - правых притоков Большого Югана, впадающего в Обь. Река Негусъях берет начало среди болот заповедника, то есть практически весь водосбор этой довольно крупной реки (протяженность Негусъяха только в пределах заповедника около 400 км) находится в условиях заповедного режима. Среди болот заповедника расположены многочисленные озера, среди них есть достаточно крупные - Онтырлор, Кытнелор.
Центральная усадьба заповедника расположена в поселке Угут. Удаленность ближайшей и самой дальней точек заповедника от центральной усадьбы составляет 30 и 160 км соответственно. Угут с населением около 3 тысяч человек является наиболее крупным населенным пунктом вблизи заповедника. Добраться до Угута из Сургута можно только вертолетом, т.к. дороги до поселка нет. Непосредственно вблизи границ заповедника плотность населения очень невелика. В основном, это ханты, традиционно живущие вдоль рек небольшими группами, состоящими из одной или нескольких семей.
31 мая 1982 года Совет Министров РФ постановил учредить Юганский заповедник на площади 648636 га. Заповедник расположен на территории Сургутского района Ханты-Мансийского автономного округа Тюменской области. Вокруг заповедника установлена двухкилометровая охранная зона общей площадью 98893 га.
Для среднетаежной подзоны типичны елово-пихтово-кедровые леса, занимающие наиболее дренированные участки водоразделов, и болота на центральных слабо дренированных частях междуречий. Из-за периодически возникающих в засушливые годы естественных пожаров, коренные леса в чистом виде практически отсутствуют. На месте гарей, образовавшихся в 70-е годы прошлого столетия, возникли вторичные осиновые и березовые леса, которые сейчас имеют второй ярус, состоящий из темнохвойных пород - таким образом происходит восстановление коренных сообществ.
Равнинность территории, удаленность от биогеографических (зональных) границ обусловливает небольшое флористическое разнообразие. Инвентаризация флоры заповедника еще не завершена. Сосудистых растений на территории заповедника отмечено 325 видов, мхов - 109 видов, лишайников - 161 вид. Из видов растений и грибов, занесенных в Красную Книгу, в заповеднике отмечены следующие: лобария легочная, надбородник безлистный, рогатик пестиковый и ежевик коралловидный.
Животный мир заповедника представлен 36 видами млекопитающих, 207 - птиц (включая пролетных), 2 - пресмыкающихся, 4 - земноводных, 10 - рыб. Ведутся работы по инвентаризации фауны беспозвоночных.
Среди гнездящихся в заповеднике птиц есть виды, включенные в Красную Книгу России: скопа, орлан-белохвост, беркут, черный аист. Есть и "краснокнижные" насекомые: голубая орденская лента, махаон, малый ночной павлиний глаз.
Птицы: аист чёрный, беркут, орлан-белохвост, скопа
Насекомые: махаон, павлиний глаз дневной