Заповедник расположен в западных предгорьях Южного Урала, в пределах Бурзян-ского административного района Республики Башкортостан. Центральная усадьба - д. Иргизлы Бурзянского района РБ. Площадь заповедника 22531 га. Экосистемы заповедника "Шульган-Таш" несут следы взаимодействия человека и природы с древнейших времен и до наших дней. Положение территории заповедника на границе Европы и Азии, лесной и лесостепной зон определило сложную историю заселения региона человеком и взаимовлияния различных племен и народов.
На территории заповедника и в его окрестностях открыты многочисленные следы поселений человека нескольких археологических культур от позднепалеолитического до ранне-средневекового возраста. Начиная с 1V-VI веков н.э. в регионе возникает уникальный промысел - бортничество, практикуемый в заповеднике и в заказнике "Алтын Солок" и в настоящее время.
Низкая плотность населения и экстенсивные способы природопользования до заселения территории башкирами и русскими не вызывали существенных изменений природной среды. Заметная антропогенная трансформация природных комплексов Южного Урала началась лишь с развитием горно-заводской промышленности в XVIII веке. На территории заповедника в историческом прошлом антропогенные воздействия незначительны по масштабам и площадям (за исключением бортевого пчеловодства и охоты).
Первым обратил внимание на этот район зоолог, профессор Московского университета Г.А. Кожевников, который еще в 1911 году высказался за организацию заповедников в России и главным ее принципом считал неприкосновенность. В 1928 году АН СССР организовала экспедицию под его руководством с целью изучения пчел, населяющих горные районы Башкирии. Была составлена карта бортей этого района и установлено, что ядро чистокровных бурзянских пчел находится вблизи деревень Галиакберово, Гадельгареево, Мунасипово, Старосубхангулово. Работы экспедиции имели большое значение для создания впоследствии заповедника. В 1948 году Главохота РСФСР провела изыскания с целью выбо-ра участка для организации заповедника бортевых пчел, но последовавшая затем кампания закрытия заповедников еще на десятилетие задержала его учреждение.
На территории заповедника запрещается хозяйственная деятельность, за исключением мероприятий, направленных на сохранение и воспроизводство аборигенной популяции пчелы и мер, способствующих сохранению исторически сложившегося биоразнообразия луговых полян. Экскурсии в заповеднике проводятся на 2% территории, сенокошение - на 1.5% площади. Бортевое и колодное пчеловодство как традиционный промысел, минимально на-рушающий природную среду практикуются на всей территории. По инициативе заповедника в 1997 году на сопредельной с ним территории был создан энтомологический заказник "Алтын Солок", главной задачей которого является охрана местообитаний и развитие бортевого пчеловодства. Площадь заказника в 10 раз превышает заповедную и дает большие шансы на сохранение ценного генофонда "бурзянки".
Под охраной заповедника находится Капова пещера (Шульган-Таш), имеющая выдающееся археологическое, эстетическое и этнографическое значение благодаря наскальной живописи времен палеолита (14-15 тыс. лет). Рисунки впервые описаны А.В. Рюминым (1959) и подробно исследованы экспедициями Института археологии АН СССР под руководством О.Н, Бадера и В.Е. Щелинского. К настоящему времени известно более 50 наскаль-ных изображений, напоминающих классическую настенную живопись пещер Франции и Испании. Протяженность всех ходов пещеры составляет более 2.7 км, суммарный объем полостей - около 86000 м3. Пещера имеет три яруса, внутри пещеры протекает речка Подземный Шульган.
Заповедник представляет собой массив старовозрастных лесов с включением лесных полян и участков петрофильных и луговых степей. Основными лесообразующими породами являются липа сердцевидная, дуб черешчатый, клен платановидный, вяз шершавый, сосна обыкновенная, береза повислая, осина, ольха серая, ель сибирская. Выявлено более 60 типов растительности. Природные комплексы несут следы умеренной хозяйственной деятель-ности человека прошлых веков, заключавшейся в охоте, бортничестве, скотоводстве на отгонных пастбищах, приисковых лесозаготовках. Расположение на стыке природных зон и областей, расчлененный рельеф, разнообразие ландшафтов заповедника (наличие скали-стых обнажений, карстовых форм рельефа, сильно развитой гидрографической сети) определяет разнообразие флоры и фауны, обеспечивает сосуществование на ограниченной тер-ритории видов различных геоэлементов и экологоценотических групп.
На территории заповедника выявлено около 800 видов высших растений, из которых 118 относятся к категориям редких, исчезающих, реликтовых, эндемичных. Флора низших растений целенаправленно не изучалась. В Красную книгу России включены 14 видов растений заповедника: ковыли перистый и Залесского, тонконог жестколистный, рябчик русский, живокость уральская, венерины башмачки настоящий и крупноцветковый, пыльцеголовник красный, ятрышники болотный и обожженный, минуарция Гельма, чина Литвинова, астрагал Клера, тимьян клоповый. В Красной книге Башкирии числятся 58 видов растений заповедника, 72 вида животных.
В заповеднике и его окрестностях зарегистрировано 54 вида млекопитающих, 196 видов птиц, 6 видов рептилий, 5 видов амфибий, 27 видов рыб. Среди беспозвоночных животных выявлено 377 видов чешуекрылых, 229 видов перепончатокрылых, 205 видов жесткокрылых, 160 видов пауков.
Важнейшей задачей заповедника является сохранение, изучение и воспроизводство аборигенной (бурзянской) популяции среднерусской медоносной пчелы, обитающих в естественных и искусственных дуплах (бортях, колодах). Бурзянские пчелы на протяжении столетий находились в генетической изоляции, экологически и этологически адаптированы к специфическим условиям обитания на Южном Урале и представляют интерес для селекции в пчеловодстве. Одновременно в заповеднике сохраняется древний народный промысел - бортевое пчеловодство, согласующийся с заповедным режимом.
В Красной книге России числятся 15 видов животных заповедника: восковик-отшельник, усач альпийский, шмель изменчивый, аполлон, мнемозина, голубянка Римн, подкаменщик, скопа, сапсан, беркут, могильник, орлан-белохвост, черный аист, змееяд, байбак. На пролете отмечены виды-краснокнижники: малый лебедь, краснозобая казарка и кречет.
Птицы: аист чёрный, беркут, змееяд, казарка краснозобая, кречет, лебедь малый, могильник, орлан-белохвост, скопа, сокол сапсан
Млекопитающие: сурок
Насекомые: аполлон, пчела медоносная