Во второй половине XIX столетия верховья Тебердинской долины посещает ряд ученых - так в 1878 г. известный ставропольский натуралист Н.Я. Динник описывает флору, фауну и ледники этого района. В 1897 году по долине реки Теберды путешествовал известный исследователь Кавказа А.Н. Дьячков-Тарасов. А.К. Фон-Мекк известный альпинист, много путешествовал в Швейцарских Альпах, находил, что по красоте своей Клухорский перевал может поспорить с самыми знаменитыми альпийскими перевалами.
Участники экспедиции Русского географического общества дали высокую оценку уникальности природного комплекса и указали на необходимость принятия мер по его сохранности. В 1914 году ученые и общественность предлагали создать в верховьях Тебердинской долины заповедник. Эта идея была осуществлена в 1935 году, когда решением Карачаевского облисполкома был организован заповедник местного значения и уже 5 марта 1936 года учитывая всесоюзное значение Теберды Постановлением №40 ВЦИК Совета народных комиссаров РСФСР вынесено решение об образовании Тебердинского высокогорного акклиматизационного государственного полного заповедника. Первыми руководителями заповедника стали Вейцман Хайм Самуилович, который погиб во время Великой Отечественной войны и Герцик Владимир Казимирович.
Летом 1993 г. эксперты из Совета Европы отметили, что работа Тебердинского заповедника проводится на европейском уровне. В 1994г. за хорошую сохранность экологических систем и развитие науки Совет Европы наградил Тебердинский заповедник Европейским Дипломом Первой Степени. В 1997 году заповедник получил статус биосферного.
Заповедник представлен двумя кластерными участками - Тебердинским и Архызским, которые репрезентируют в совокупности все богатство флоры и фауны кавказского высокогорья. Общая площадь ТГПБЗ 85064 га. Площадь Тебердинского участка 65792 га, Архызского участка 19272 га. Вокруг заповедных участков установлена охранная зона шириной до 5 км общей площадью 36 350 га, в том числе: вокруг Тебердинского участка 20300 га, вокруг Архызского участка 16 050 га.
Тебердинский заповедник расположен на северном макросклоне Главного Кавказского хребта в самой восточной части высокогорного северо-западного Кавказа, являющейся переходной зоной к Центральному Кавказу. Это типичная горная местность, где 83 % территории находится на высоте свыше 2 тыс. метров над уровнем моря. В заповеднике известно более 100 ледников, составляющих 10% от всей территории. Участок хребта, расположенный на территории Тебердинского заповедника, имеет протяженность 42,5 км. и покрыт не только ледниками, но и вечными снегами. Территория заповедника включает более 150 озер ледникового происхождения. Озера необычайно красивы, они лежат в верховьях горных долин или по их склонам на высоте 2000-3000 метров над уровнем моря.
Благодаря близости Черного моря климат влажный и теплый, что способствует развитию большой площади тепло- и влаголюбивых широколиственных горных лесов. Характер ландшафтов на территории Тебердинского заповедника тесно связан с высотой над уровнем моря. Они располагаются этажами. Нижний этаж (от 1260 до 2400 метров над уровнем моря) занимают горные лесные ландшафты. Сосновые леса иногда поднимаются до высоты 2500-2550 метров. Местами в горные леса вклиниваются субальпийские луга, и тогда граница леса лежит несколько ниже.
Разнообразие условий в сочетании с расположением территории заповедника на стыке двух ботанико-географических округов, между Западным и Центральным Кавказом, обусловили большую флористическую насыщенность и богатство растительного покрова заповедника.
Флора сосудистых растений включает 1200 видов. Она отличается высоким своеобразием и включает большую долю высокогорных видов. Лесная растительность занимает 36% территории заповедника. Она представлена широколиственными, мелколиственными и хвойными лесами. Последние занимают большие площади и образованы преимущественно сосной и кавказской пихтой, в качестве сопутствующей породы выступает ель восточная.
Наиболее разнообразна высокогорная растительность, которая по флористической классификации относится к 11 классам. Растительность осыпей, морен, россыпей и речных галечников включает флористически богатые сообщества всех высотных поясов. Наиболее уникальны субнивальные осыпные группировки, в составе которых много редких видов растений. Небольшие участки в субальпийском и альпийском поясах занимают высокогорные болота. Они развиваются в условиях подточного увлажнения, в их состав входят многие редкие виды мохообразных и орхидных. Уникальны и сообщества высокогорных ручьев. Они формируются по днищам и берегам ручьев и небольших речек, около родников с постоянно текущей холодной водой. Немногие сосудистые растения формируют здесь разреженный покров при сплошном покрове листостебельных мхов.
Альпийские луга заповедника очень своеобразны. На обдуваемых склонах и гребнях альпийского пояса формируются своеобразные лишайниковые пустоши. Они в наибольшей степени близки к горным тундрам других горных систем Евразии. Уникальность Тебердинского заповедника заключается также в наличии на его территории обширных участков альпийских и субальпийских лугов, не подвергавшихся выпасу в течение последних 60 лет. Таких массивов лугов нет ни в одном другом заповеднике нашей страны. Уникальны и разнообразны также сообщества альпийских ковров, приуроченные к местам обильного снегонакопления в зимнее время. Эти сообщества крайне уязвимы к неумеренному выпасу и сильно деградировали на незаповедных территориях. Субальпийское высокотравье развито в условиях хорошего обеспечения почвы водой и элементами минерального питания. В его составе большое количество видов, имеющими высокую эстетическую ценность, благодаря крупным и многочисленным цветкам или соцветиям. Особое место занимают кустарниковые стланики. Они представлены обширными массивами рододенников, можжевеловых стлаников, а также кустарничковых пустошей.
Тебердинский государственный биосферный заповедник играет важную роль в сохранении зоокомплексов Западного Кавказа. Животное население сформировалось в результате сложного взаимоналожения процессов местного видообразования (кубанский тур, кавказский тетерев, аполлон Нордмана и др.) и фаунистических влияний со стороны хвойно-широколиственных лесов Западной Европы (лесной кот, соня-полчок, черный дрозд и др.), лесной зоны Евразии (рысь, бурый медведь, мохноногий сыч и др.), нагорьев Центральной Азии (альпийская галка, черный гриф, снежная полевка и др.) и Средиземноморья (серна, белозобый дрозд). Кроме того, характерны ледниковые реликты (каменная кобылка и др.). Многие популяции животных, относящихся к разным фаунистическим группам, вследствие более или менее длительной изоляции от основных ареалов, образовали новые виды или подвиды.
Согласно наиболее распространенной схеме фаунистического районирования территория Тебердинского заповедника относится к Кавказскому лесному округу Европейской лесной провинции и к Кавказскому горнолуговому округу Нагорно-Азиатской провинции. По зоогеографическому районированию, предложенному Н.К. Верещагиным (1958), Тебердинский заповедник лежит в Кавказском округе Средиземноморской области, для которой характерны два основные типа: мезофильный и ксерофильный. На Западном Кавказе преобладает первый тип, а на Восточном - второй. Тебердинский заповедник, расположенный в восточной части Западного Кавказа, имеет фауну переходную между мезофильным и ксерофильным типами. В Тебердинском заповеднике велика доля высокогорных местообитаний. Отмеченные особенности зоогеографического положения и высокая степень сохранности естественных экосистем обусловливают высокое видовое разнообразие животного мира Тебердинского заповедника. Здесь отмечено 262 вида позвоночных и около 1750 видов беспозвоночных животных. Богатство фауны - характерная черта природы Кавказа, но даже на этом фоне Тебердинский заповедник выделяется разнообразием животного населения так на площади (S = 0,86 тыс. кв. км) занимающей всего 0, 16 % территории Кавказа (S = 541,2 тыс. кв. км) можно встретить 53,5 % видов позвоночных (N = 262) фауны всего Кавказского региона включая Закавказье (N = 490).
На территории заповедника зарегистрировано 74 вида животных нуждающихся в охране (приложение C). Из них: 54 вошли в Красную книгу Карачаево-Чекесии (1988); 36 - в Красную книгу России (2000); 17 - в федеральный "Перечень объектов животного мира нуждающихся в особом внимании" (2000). Охранный статус 17-и видов и подвидов подтвержден международными соглашениями (приложения 1-3 к Конвенции СИТЭС). Возможны встречи еще 12-и видов животных, занесенных в Красную книгу России.
Из шести аборигенных видов отряда Парнокопытных (Artiodactyla), эндемик Западного Кавказа - Кубанский тур (Capra caucasica Guldenstaedt) наиболее характерный обитатель заповедника. Он населяет скалистые участки высокогорий Главного Кавказского хребта, где осуществляются нерегулярные перекочевки обеспечивающие связь популяций Западного и Центрального Кавказа, разобщенных крупной долиной Теберды. Некоторые авторы считают верховья этой реки условной границей между зонами распространения западнокавказской и центральнокавказской форм тура. Сохранение жизнеспособного ядра популяции туров - одна из основных задач ООПТ. Оказывая существенное влияние на травяной покров альпийских лугов, этот вид животных является фактором регуляции лавиноопасности, и влияет на скорость эволюции высокогорных экосистем. Кроме того, кубанский тур имеет огромное эстетическое значение как неотъемлемый элемент горных ландшафтов Западного Кавказа. Тур - стадное животное и взрослые самцы, образуют отдельные стада до 150 голов. Стада тура являются неразрывным компонентом ландшафтов заповедника, украшающим и оживляющим "горное безмолвие" охраняемой территории.
На Архызском участке заповедника реакклиматизирован зубр - вид находящийся под угрозой исчезновения. В 1968 и в 1978 гг здесь было выпущено соответственно 22 и 7 зубров кавказско-беловежской линии (Bison bonasus x Bison bonasus caucasicus). Звери хорошо освоились в горных условиях. Расселение этих животных сдерживается отсутствием в округе мест, пригодных для обитания зубров и свободных от хозяйственной деятельности.
Тебердинский заповедник относится к числу Ключевых орнитологических территорий международного значения. Здесь отмечено 202 вида птиц, что составляет около 80 % орнитофауны Западного Кавказа и 56 % от орнитофауны всего Кавказа. В пределах ООПТ гнездится 90 видов птиц. Птичье население бассейна р. Теберды носит смешанный характер. В лесном поясе преобладают представители фауны Европейских хвойно-широколиственных лесов - снегирь, серая неясыть, зеленый дятел и таежной зоны Евразии - мохноногий сыч, клест - еловик. В горно-луговом поясе преобладают виды, относящиеся к Центральноазиатскому (Тибетскому) типу фауны: бородач, альпийская галка, большая чечевица и др. К ним добавляются: монголо-тибетский вид - клушица; монгольский вид - каменка плясунья и монголо-средиземноморские виды - горихвостка-чернушка, горная ласточка и др. Велика роль заповедника в сохранении местообитаний редких представителей орнитофауны. На его территории отмечено 40 видов птиц, нуждающихся в охране (приложение C). Из них: 27 видов занесено в Красную книгу Карачаево-Черкесии; 22 - в Красную книгу России; 7 - в федеральный перечень видов, нуждающихся в особом внимании. Охранный статус 13-и видов подтвержден международными соглашениями.
Особое межрегиональное значение Тебердинского заповедника для охраны птиц определяется наличием магистральных путей сезонных перелетов. Над долиной Теберды и через Клухорский перевал (2782 м. н.у.м.) проходят миграции многих видов птиц. Особенно примечателен массовый осенний пролет хищников - парителей: канюков, черных коршунов, луней. Птицы часто летят большими стаями. Наблюдалось скопление осоедов из полутора тысяч особей. Вероятно, подобные явления связаны с особенностями рельефа способствующими формированию местных восходящих воздушных потоков. По предварительным подсчетам ежегодно на Кавказе гибнет не менее 5 тысяч хищных птиц; 80 % случаев приходится на период осенних миграций совпадающих с охотничьим сезоном. Среди причин гибели отстрел прочно занимает первое место - 70 % от всех случаев. Учитывая приведенные данные, трудно переоценить роль ТГПБЗ в сохранении поголовья хищных птиц всей Центральной России.
Птицы: галка альпийская, гриф чёрный, дрозд чёрный, канюк мохноногий, клушица, коршун черный, неясыть, осоед, снегирь, сыч мохноногий, тетерев кавказский, улар кавказский
Млекопитающие: зубр, медведь бурый, рысь, серна, тур кавказский