Государственный природный заповедник "Столбы" расположен на северо-западных отрогах Восточного Саяна, граничащих со Средне-Сибирским плоскогорьем. Естественными рубежами охраняемой территории являются правые притоки р. Енисей: на северо-востоке - река Базаиха, на юге и юго-западе - реки Мана и Большая Слизнева. С северо-востока территория граничит с пригородом г. Красноярска. Основан заповедник в 1925 году по инициативе жителей города для сохранения природных комплексов вокруг живописных сиенитовых останцев - "столбов". В настоящее время его площадь 47154 га.
На территории заповедника выделен туристко-экскурсионный район для удовлетворения рекреационных потребностей жителей Красноярска. На Столбах 150 лет назад зародилось уникальное социальное явление, получившее название "столбизм". Красивый пейзаж и скалы стали центром объединения и общения творческих людей. Сложные для восхождения скалы способствовали созданию выдающейся школы скалолазов и альпинистов мирового уровня. В настоящее время ежегодно ТЭР посещает более 200 тыс. человек.
По геоморфологическому районированию территория заповедника лежит в зоне контакта Средне-Сибирского плоскогорья, Западно-Сибирской равнины и Алтае-Саянских гор. Высота скал достигает 60-90 м. Горные породы представлены осадочными и вулканогенными толщами, имеющими возраст от кембрия (более 600 млн. лет) до каменноугольного периода. Климат заповедника резко отличается от климата пограничной лесостепи с повышением в полтора-два раза количества осадков (686 мм) и влажности воздуха, меньшей продолжительностью вегетационного периода (138 дней). Среднегодовая температура воздуха в заповеднике (-1,2оС), в лесостепи - (+0,3оС). Континентальность атмосферы в заповеднике смягчена горным рельефом.
С изменением абсолютных высот меняются почвы и растительность заповедника. В низкогорье распространены подтаежные и лесостепные лиственно-светлохвойные леса на горных серых лесных почвах (8,1% территории), в среднегорной части - светлохвойная и темнохвойная тайга на горых подзолистых почвах.
Заповедник "Столбы" находится на стыке трех ботанико-географических районов: Красноярская лесостепь, горная тайга Восточных Саян и подтайга Средне-Сибирского плоскогорья. Флора заповедника насчитывает 1037 вида высших сосудистых растений, из них 260 видов - мохообразные, более 150 видов относится к категории особо охраняемых. Среди 8 лесообразующих пород преобладают сосняки (41%) и пихтачи (28%). Большая часть насаждений пройдена выборочной рубкой в 40-50-х годах.
Большинство из 56 видов млекопитающих - обитатели леса. Из копытных шире других в заповеднике распространен марал - самый крупный подвид благородного оленя. Маралы живут небольшими семейными или смешанными группами от 2 до 8 (редко 12-15) животных. Типичный обитатель среднегорной тайги - кабарга, она живет "в тени скал и лесных завалов", ведет скрытный оседлый образ жизни и редко попадается на глаза наблюдателю. Косуля в заповеднике обитает лишь в низкогорных ландшафтах, хотя вообще в горах юга Сибири она поднимается до подгольцовых редколесий и субальпийских лугов. Во время сезонных перемещений животные выходят из заповедника в пригородные леса, где нередко становятся жертвами бродячих собак и браконьеров. Из крупных и средних хищников в заповеднике обитают бурый медведь, волк, рысь, росомаха, лисица, барсук. Постоянно обитает в заповеднике, но никогда не бывает многочисленной росомаха. Она успешно охотится на маралов (чаще всего в декабре - апреле), как правило, в одиночку или группой из 2-4 хищников, загоняя жертву по глубокому снегу или скрадывая.
Все мелкие хищники относятся к семейству куньих. Это ласка, горностай, колонок, норка американская, выдра, но наиболее многочисленный представитель этого семейства -соболь. Заяц-беляк - нетипичный для тайги вид, заселяющий лиственные и смешанные леса, заросли кустарников. Больше всего зайцев на Столбинском нагорье. Пищуха алтайская встречается на каменистых россыпях, реже - в темнохвойных захламленных лесах. Семейство грызунов - самое многочисленное в заповеднике. Среди грызунов преобладают лесные полевки. Один из самых заметных грызунов в предгорьях - бурундук. Летучие мыши зимуют в карстовых полостях. В пещере Ледопадная обитают более сотни ночниц Брандта и бурых ушанов. Северный кожанок, водяная и длиннохвостая ночницы, большой трубконос - единичны. Прудовая ночница, а также ночница Иконникова занесены в региональную Красную книгу. Фоновыми видами являются ночница Брандта и северный кожанок. Из насекомоядных не представляют редкости в заповеднике сибирский крот и водяная кутора; среди бурозубок преобладают обыкновенная, средняя и малая. Как и для области Восточного Саяна в целом, характерно присутствие в этой группе также бурой, арктической и равнозубой бурозубок. Не характерны для заповедника изредка встречающиеся в охранной зоне длиннохвостый суслик и степной хорь - обитатели открытых пространств.
Список птиц, зарегистрированных за время орнитологических наблюдений на территории заповедника, включает более 200 видов. Для 143 из них имеются сведения о гнездовании. Однако только 92 вида устраивают гнезда и выводят птенцов постоянно. Остальные птицы наблюдаются в период сезонных миграций либо отмечаются в качестве своеобразных экзотов с редкими и нерегулярными залетами. Комплекс таежных видов, составляющий ядро заповедной орнитофауны, сохраняется значительно лучше, но и здесь наметилось снижение обилия мухоловки-мугимаки, корольковой пеночки, оливкового, сибирского и пестрого дроздов, синего соловья, свистуна, синехвостки, филина, глухаря, а также бородатой неясыти. Из видов, включенных в Красную книгу Красноярского края, в пределах заповедника и его охранной зоны гнездятся сапсан - 6-8 пар, филин - до 10 пар, малый перепелятник, воробьиный и домовый сычи, а также регионально редкие бородатая неясыть и ушастая сова. В гнездовый период у скал по р. Базаиха появляется пара балобанов. Тундровый лебедь, кликун и иглохвостый стриж встречаются во время пролета. Кроме того, относительно регулярно отмечаются кочующие одиночные особи черного аиста, беркута, дербника, ястребиной совы. В заповеднике встречается 21 вид дневных хищных птиц и 10 видов сов. Обычны черный коршун, канюк, чеглок, пустельга, перепелятник, тетеревятник, длиннохвостая неясыть и болотная сова. Из куриных птиц в заповеднике многочислен рябчик, обитающий почти повсеместно. Глухарь связан, прежде всего, с сосново-лиственничными лесами и горными сосновыми борами.
В заповеднике распространены типичные для Средней Сибири земноводные и пресмыкающиеся. В предгорном поясе и по долинам крупных рек живет обыкновенная гадюка. В этих же местах, а также в горно-таежных биотопах встречается живородящая ящерица.
Ихтиофауна наиболее полно представлена в крупной реке Мане. Здесь обитают 22 вида рыб, а также речная минога. Стерлядь, сиг, тугун, язь и карась встречаются крайне редко. Для таежных речек с быстрым течением и каменистым руслом характерен мелкий хариус. В реке Базаихе обнаружено 10 видов рыб. В последние годы здесь происходит замена хариуса тайменем.
В заповеднике отмечено около 400 видов насекомых. Наиболее полно изучена фауна жесткокрылых. Найдено 75 видов листоедов, 25 - щелкунов, более 30 - божьих коровок. Из стволовых вредителей известно 70 видов усачей, 42 - короедов. Интересно, что за годы существования заповедника в нем не отмечены вспышки массового размножения этих насекомых. Среди жуков, обитающих в заповеднике, встречается редкий мертвоед четырехточечный. Из 117 видов дневных бабочек интересны представители семейства всадников, или парусников. Здесь встречается четыре вида этого семейства: махаон и аполлоны - помион, делиус и Штуббендорфа. Наиболее красивые парусники - аполлон помион и махаон - встречаются редко, в основном на остепненных склонах предгорного пояса. Лишь однажды была встречена в заповеднике голубянка Клана. Эта небольшая бабочка редка во всем Красноярском крае. Аскалаф сибирский (семейство Сетчатокрылые) - изящное насекомое с прозрачными крыльями, похожее на сказочного эльфа. В заповеднике его можно изредка увидеть на лугах по долинам рек.
Птицы: лебедь малый, лебедь-кликун, рябчик, сокол сапсан, сыч домовой, сычик ворбьиный, филин, чеглок, ястреб-перепелятник, ястреб-тетеревятник
Млекопитающие: бурундук сибирский, волк, выдра, кабарга, колонок, косуля, медведь бурый, ночница бурая, олень благородный, росомаха, рысь, хорёк степной
Рыбы костные: сиг проходной, стерлядь, тугун, хариус
Насекомые: аполлон, махаон, мертвоед четырёхточечный