Государственный заповедник "Мыс Мартьян" расположен в издавна осваиваемой части Крымского полуострова, в центре Южного берега Крыма, на южном склоне Главной гряды Крымских гор.
Особенности природных условий, отличающие Южный берег Крыма с его субтропическим климатом, именно здесь, в заповеднике, проявляются во всей своей полноте. По схеме детального физико-географического районирования региона, заповедник лежит в пределах области Южного берега Крыма, в зоне реликтовой средиземноморской растительности. По ботанико-географическому районированию регион Южного берега Крыма выделяется в отдельную Новороссийско-Крымскую подпровинцию Евксинской провинции Европейской широколиственной области.
Неповторимый облик Южного берега Крыма привлекал внимание многих исследователей еще в XVIII в. Известный ученый-путешественник Карл Людвиг Габлиц после двухлетнего пребывания в Крыму опубликовал книгу "Физическое описание Таврической области". Это была первая работа, в которой рассказывалось об оригинальных ландшафтах Крыма. До 1802 г. выходят научные записки К. Л. Габлица "Географические известия о Тавриде".
В это же время знаменитый путешественник и натуралист академик Петр-Симон Паллас, изучающий природу юга России, издал труд "Топографическое описание Таврической области". С 1796 г. он долгое время жил в Симферополе, где изучал климатические условия Крыма.
Именно по его советам в зоне субтропиков на Южном склоне Крымских гор Х. Х. Стевеном был заложен ботанический сад. В состав сада вошла и территория мыса Мартьян, леса которого сохранили естественный облик и представляют собой эталон средиземноморской растительности.
Юридически мыс Мартьян не был заповедным, но сотрудники ботанического сада и многие работавшие здесь ученые именовали его рощи из можжевельника высокого и земляничника мелкоплодного "заповедными" или "памятником природы". Можжевеловый лес на Мартьяне под защитой Никитского ботанического сада сохранялся лучше, чем в других местах, но, тем не менее, он все равно подвергался постоянному воздействию человеческой деятельности.
Идею создания можжевелового заповедника поддерживали широкие круги научной общественности. И в 1947 г. роща древовидного можжевелового леса на мысе Мартьян была объявлена памятником природы. Однако вплоть до 1973 г. "можжевеловый заповедник" существовал "де-факто", но не был оформлен юридически. Как самостоятельный Государственный заповедник "Мыс Мартьян" был организован 20 февраля 1973 г. Его общая площадь - 240 га, из них 120 га занимают урочище Мартьян, частично урочище Ай-Даниль и приморская зона, 120 га приходится на акваторию Черного моря.
В геоморфологическом отношении мыс Мартьян - продолжение Никитского отрога Главной гряды Крымских гор. Этот огромный известняковый массив, спускающийся к морю, состоит из крупных блоков, брекчий, перекрытых местами рыхлыми красноцветными щебнистыми глинами.
Рельеф заповедника чрезвычайно живописен. Он изобилует многочисленными оврагами, балками, лощинами, промоинами, абразивными террасами. Под действием морских волн формируются уступы и обрывы (клифы) приморских склонов, береговые каменные обвальные шлейфы ("дикие" пляжи), останцы-островки, подводные скалы. Морские аккумулятивные отложения образуют прерывистый пояс галечниковых пляжей.
Кроме того, здесь выделяются антропогенные формы рельефа: фундаменты - остатки древних построек, оборонительных валов; искусственный грот в известняковом блоке (наличие таких сооружений на Мартьяне отмечал академик П. С. Паллас еще в начале XIX в.); кучи известнякового щебня и мелких глыб, которыми отмечались межи землепользователей; отдельные скопления камней, собиравшихся в прошлом с обрабатываемых полей, также ямы, котлованы и т. д.
Климат заповедника отражает наиболее характерные черты климата центральной части Южного берега Крыма.
Он формируется под влиянием географической широты и тех атмосферных процессов, которые развиваются над Средиземным и Черным морями. Климатические условия этого района Крыма несколько отличны от большей части полуострова. Это связано с тем, что Южный берег защищен с севера горным хребтом, который часто ограничивает проникновение холодных ветров зимой, а если они и доходят сюда, то с меньшей силой, обтекая горы с запада и востока, и уже прогретые над морем. Кроме того, южная экспозиция большей части склонов создает хорошие условия для прогрева поверхности суши поступающей солнечной радиацией.
Другими словами, для центральной части Южного берега Крыма характерны более яркие проявления субтропического климата средиземноморского типа. Среднегодовая температура воздуха на территории заповедника изменяется от 12 градусов до 13,6 градусов в прибрежной полосе. Здесь отсутствует период с устойчивыми среднесуточными температурами ниже 0 градусов. Переход среднесуточной температуры воздуха через 5 градусов в прибрежной полосе осуществляется 5 марта; на верхней границе заповедника, в горах, - 20 марта. Годовые суммы температур выше 5 градусов составляют в горах - 4100 градусов, на побережье - 4600 градусов.
Продолжительность периода с температурами воздуха выше 10 градусов в верхней части заповедника продолжается 195 дней, а в прибрежной - 215. Время активной вегетации растений в горах начинается 20 апреля и кончается 2 ноября; в прибрежной полосе - соответственно 12 апреля и 15 ноября. Сумма температур выше 10 градусов изменяется по высотам от 3500 до 3900 градусов.
По многолетним данным, первый осенний заморозок бывает в среднем между 28 ноября - 6 декабря. В 1920 и 1953 гг. он отмечался 30 октября, однако такое отклонение бывает один раз в 25 лет. Заморозки прекращаются в среднем 23 марта, самые поздние зарегистрированы во второй декаде апреля в 1929 и 1933 гг.
Безморозный период в заповеднике длится 250 - 260 дней. Он на 45 - 55 дней длиннее вегетационного периода. Такое соотношение благоприятно сказывается на развитии растений. Активно вегетирующие растения в абсолютном большинстве лет не попадают под влияние ни весенних, ни осенних заморозков.
Южный берег Крыма - один из самых теплых и богатых солнечным светом районов. Среднее количество солнечной радиации, получаемое в течение года земной поверхностью на мысе Мартьян, составляет 116 ккал/кв. см. Общее количество часов солнечного сияния - 2287, из которых около 930 часов приходится на три летних месяца.
На верхней границе заповедника выпадает до 600 мм осадков. На побережье - около 400 мм, причем более 60% приходится на период с ноября по март. В последнее время преобладают все более влажные годы, когда количество осадков превышает средние многолетние нормы.
От внешних ветров заповедник защищен Главной грядой. Поэтому в ветровом режиме большое значение имеют местные ветры, меняющие свое направление в течение суток. Близость с одной стороны моря, с другой - гор создает условия для возникновения бризов и горно-долинных ветров; ночью ветры дуют с гор к морю, днем - с моря на сушу.
Так как на территории заповедника отсутствует период с устойчивыми среднесуточными температурами ниже 0 градусов, зиму как климатический сезон здесь выделить трудно. Режим зимней погоды здесь формируется лишь в отдельные непродолжительные промежутки времени. В январе и феврале среднесуточная температура воздуха в течение 23 - 25 дней удерживается выше 0 градусов, и только когда на территорию Крыма вторгаются мощные массы холодного арктического воздуха, на 5 - 7 дней температура может понизиться. В эти дни морозы достигают -7, -9 градусов, а в отдельные годы -15 градусов. Самый длинный непрерывный морозный период, который когда-либо наблюдался в заповеднике, равен 14 дням.
Осадки в виде снега выпадают ежегодно, но устойчивый снежный покров образуется очень редко. Первый снег выпадает в конце октября, в отдельные годы 1 ноября или только 10 февраля. Полностью снег сходит к 4 марта, иногда держится даже до 1 апреля. Снежный покров сохраняется в среднем в течение 18 дней. В отдельные редкие годы он может наблюдаться 60 - 65 дней или в течение только одного дня. В лесу под кронами деревьев его мощность достигает 13 см, максимальная - 40 - 45 см, минимальная - 1 см.
Начало весны в заповеднике условно считается со дня прекращения заморозков, т. е. с 23 марта. Она продолжается до середины мая - около 45 - 50 дней. Среднемесячная температура воздуха к концу апреля - началу мая достигает 5,2 градуса.
Лето на Мартьяне довольно длительное. Его начало (или переход среднесуточной температуры через 15 градусов) наступает в прибрежной части заповедника 8 мая, а на верхней границе - 18 мая и длится (соответственно высотам) 140 - 160 дней. Самый теплый летний месяц - июль. Его средняя температура изменяется от 22,5 градусов у верхних границ до 24 градусов в прибрежной зоне. В полдень температура воздуха поднимается до 26 - 27 градусов, максимальная - до 31 - 33 градусов.
Осень сравнительно короткая, наступает в первой половине октября, а оканчивается с первыми заморозками в конце ноября или начале декабря. В это время идет заметное снижение температуры воздуха, увеличивается облачность, осадки, усиливается ветер. Но нередко бывают и теплые ясные дни, когда температура воздуха достигает 20 градусов.
На территории заповедника подземные воды на поверхность, как правило, не выходят. Только во время летних ливней и осенне-зимних осадков появляются небольшие ручейки.
Сложный рельеф - от пологих склонов до скальных обрывов, - сравнительная неоднородность почвообразующих пород обусловили в заповеднике мозаичность почвенного покрова. Здесь выделено 12 почвенных разностей. Отдельными массивами встречаются серо-коричневые слабокарбонатные среднемощные тяжелосуглинистые слабощебнистые почвы. Распространены коричневые карбонатные легкосуглинистые среднещебнистые, коричнево-красные маломощные глинистые среднещебнистые почвы, а также другие их вариации.