Создан в 1973 году с целью сохранения лесов южного склона Главной гряды и находящихся над ними ялтинских природных комплексов с оригинальными формами рельефа.
Флора заповедника насчитывает около 1400 видов высших растений - более половины всех видов, обитающих в Крыму; 55 видов растений занесены в Красные книги.
Особую научную ценность заповеднику придают четыре уникальные популяции земляничного дерева: Байдаро-Кастропольская, Алупкинская, Ай-Тодорская (самая большая в Крыму - 4700 деревьев) и Ялтинская.
Это - памятники природы государственного значения.
В пределах заповедника имеется немало самостоятельных памятников природы, представляющих огромный научный и познавательный интерес: буковая роща и сосна-"самолет" на плато Ай-Петри, "пьяная" сосновая роща, водопады Учан-Су и Яузлар, скалы Исар, Таратахташ и Ставри-Кая, Плюшевый и Земляничниковый гребни, урочище Пендикюль, Кучук-Койский каменный хаос, скала Ифигения и прилегающее урочище, гора Пиляки, карстовые пещеры Йограф, Жемчужная, Мисхорская, Камнепадная, Медовая, Висячая, Ставрикийская, шахты Дружба, Геодезическая, Каскадная, Никитская расселина.