Байкальский заповедник расположен в южной части республики Бурятия. Большая часть заповедника находится на территории хребта Хамар-Дабан. Условно заповедник разделяют на 2 части: большую - северную (северный макросклон хребта и полосу байкальского побережья) и малую - южную. Северная граница проходит по берегу озера Байкал, отделенная от самого озера Транссибирской магистралью и шоссе.
Создан в 1969 г. для сохранения экосистем побережья Байкала и центральной части хребта Хамар-Дабан. Байкальский заповедник входит в состав участка объекта Всемирного природного наследия - Озеро Байкал. С 1985 года в подчинении заповедника находится Кабанский природный заказник.
Рельеф территории сформировался под воздействием водной эрозии, неотектонически и последнего оледенения. На сегодняшний день на формирование рельефа оказывают, главным образом снежные лавины, а также оползни и сели. В высокогорьях Хамар-Дабана выявлено 127 лавинных очагов. Для северного макросклона характерно высокогорье с наличием гребней гор, острых вершин и крутых склонов. Южный склон хребта имеет меньшие перепады высот и более гладкий рельеф.
Климатические условия для всего заповедника неодинаковы. Территория северного макросклона носит черты муссонности, отсутствуют резкие перепады температур, зимы снежные, но со слабыми морозами, а летние месяцы прохладные с продолжительными и частыми дождями. В южной части, наоборот, зима малоснежная, а лето жаркое с минимальным количеством осадков. На территории заповедника расположено более 160 мелких и крупных озер, они выглядят осень живописно на фоне скал, снежников и цветущих альпийских лугов. Самая многоводная река Темник расположена на южном макросклоне Хамар-Дабана, в заповеднике ее ширина составляет 10 -40 и глубина 0,8 - 2,5 м, в ноябре полностью промерзает, а весной уровень воды в нем сильно повышается. К крупным рекам северного макросклона относят Мишиху, Переемную, Выдриную, Аносовку глубина их более двух метров, а ширина - 60 м. Ледовый покров здесь на более мелких реках имеет незначительную толщину. Почвенный покров заповедника весьма разнообразен. Для южного макросклона характерны элементы всех почв от тундровой до степной. В северной части наличие буроземов объясняет сохранность в этих местах огромного количества реликтовых растений. В высокогорьях преобладают горно-луговые типы почв, а в речных долинах - подзолы и буроземы.
Во флоре заповедника более 840 видов растений. До наших дней сохранились растения, хранящие память о теплолюбивых лесах еще до оледенения, к ним относятся папоротники: щитовник - мужской горный, многорядник копьевидный, подмаренники - трехцветковый и удивительный, вальдштейния тройчатая. Всего на территории заповедника 24 вида растений считающиеся реликтовыми, все они прекрасно приспособились к изменившимся климатическим условиям и довольно широко распространены в лесах северного макросклона Хамар-Дабана. Особый интерес представляет древнейшая группа вечнозеленых растений - плаунов, стелющиеся в тополевых смешанных лесах. Из лишенных листьев растений - хвощей распространены полевой, речной, зимующий, луговой и лесной хвощи. В Красную книгу Бурятии занесены семейства ужовниковых, отличающиеся по своему строению от остальных папоротников. Более 60% всей территории заповедника занимают леса. Главными лесообразователями являются пихта сибирская, сосна сибирская, сосна обыкновенная, ель сибирская, лиственница сибирская.
На территории заповедника растут можжевельники обыкновенный, ложноказацкий и сибирский. По поймам рек встречаются тополевые леса с тополем душистым. Семейство ивовых распространено по всей территории заповедника, душистый тополь - по долинам рек. Обычными являются березы. Из ильмовых в южной части склона встречается только вяз приземистый. На осоково-сфагновых болотах обычна клюква и голубика. В лесах распространена брусника и черника. По каменистым склонам растет темно-пурпуровая, душистая, черная и красная смородины. В заповеднике 40 видов бобовых, среди них различные виды клевера, горошка, астрагалов и караган. Из семейства розоцветных распространены рябина сибирская и черемуха обыкновенная, яблоня ягодная, боярышники, малина, таволга. В Красную книгу РСФСР были включены касатик гладкий, ветреница байкальская, башмачок крупноцветковый и др. От неумелой эксплуатации человеком страдает черемша, родиола розовая (золотой корень), а также ягодники. Каменные скалы поражают разнообразием лишайников. На поверхностях почв, камней и деревьев широкое распространение имеют лишайники, 9 из них занесены в Красную книгу России. 30% территории покрыто субальпийскими лугами с пихтовыми "парками". Альпийский пояс представлен низкотравными лугами, горными тундрами, кустарничковыми пустошами и нивальными луговинами. В травостое преобладает водосбор железистого, дороникум алтайский, различают виды лука и др.
Фауна заповедника достаточно обычна для гор юга Сибири, единственная особенность заключается в наличии живописных и особенно птиц с происхождением из Центральной Азии. Насекомых в заповеднике более 1000 видов и в настоящее время ведется работа по изучению и описанию ранее неизученным видам. Работники заповедника следят за численностью насекомых, чтобы избежать вреда, который они могут нанести растениям. К ихтиофауне относят хариуса, ленка и тайменя. В период нереста они заходят в реки, а на зимовку перебираются в Байкал. Различных видов земноводных и пресмыкающихся крайне мало. Распространена живородящая ящерица, остромордая лягушка, редка дальневосточная квакша.
В заповеднике более 500 видов птиц. Из хищных птиц широко распространены канюк, черный коршун, ястребы, встречается иногда хохлатый осоед и малый перепелятник, гнездятся чеглок и пустельга. Водоплавающих птиц немного. В долине р. Темник и на побережье озера Байкал гнездятся кряква и чирок-свивтунок. На южных склонах встречаются горбоносый тюрбан. В высокогорьях распространены представители семейства куриных. Обычны тундряная куропатка, обыкновенный глухарь, рябчик. Кулики появляются в заповеднике только в период сезонных миграций. По берегам горных рек встречаются перевозчик, его наибольшая численность в районе Р. Темник. В начале лета слышны голоса глухой и обыкновенной кукушек. Сов в заповеднике мало, из них встречаются ушастая и большая совы, длиннохвостая неясыть и воробьиный сыч. В альпийском поясе встречается беркут. На пролете можно увидеть степного орла, могильника, орлана-белохвоста, балобана. Во время миграции большое количество птиц скапливаются на побережье Байкала. На зимовку в урожайные годы остаются больше птиц, среди них дрозды и сибирская чечевица. Обычно в заповеднике зимуют обыкновенный поползень, буроголовая и сероголовая гаички, кедровка, кукша, дятлы.
Среди мелких грызунов многочисленны красно-серая и красные полевки, восточно-азиатская мышь, лесная мышовка, полевка-экономка. Численность ондатры мала, так как на побережье Байкала почти нет благоприятных мест обитания. В тайге живут белка и бурундук. Из зайцеобразных в заповеднике встречаются только заяц-беляк и альпийская пищуха. В конце XIX века численность соболя была настолько мала, что возникла необходимость в искусственном расселении животных. На сегодняшний день соболь обитает в основном в темнохвойной тайге с преобладанием кедровых растений, где достаточно корма и мест укрытия от врагов, ее общая численность 450 - 550 особей. Речная выдра является постоянным обитателем заповедника. Одна из рек носит одноименное название, скорее всего раньше там жило много этих зверьков. Встречается американская норка. По южным склонам передвигается росомаха. Также в заповеднике встречаются горностай, ласка и солонгой.
Бурых медведей насчитывается около 80. После спячки их можно встретить по всей территории заповедника. В начале лета они кормятся на высокогорных лугах, в конце лета перебираются к ягодникам и в кедровники. Часть зверей каждый год покидают заповедник и уходят на близлежащие территории. Чаще всего лисицы встречаются на побережье Байкала и в долине р. Темник. Общая численность волков 15 - 20 особей, обитают в пределах долины Темника, где много копытных животных. В очень снежные зимы обитают в охранных зонах заповедника. Из копытных в заповеднике около 250 оленей, обитают в основном в долинных лесах с луговыми полянами, избегают темнохвойную тайгу, старые березняки и крутые склоны. К зиме большая часть их покидает заповедник из-за отсутствия кормовой базы. Северные олени обитают в субальпийском и альпийском поясах гор, а также вблизи снежников. Лоси и косули относительно малочисленны, на южном склоне Хамар-Дабана обитают кабаны.
Птицы: глухарь, коршун черный, кукша, куропатка тундренная, осоед
Млекопитающие: выдра, кабан, косуля, лось, медведь бурый, соболь
Пресмыкающиеся или рептилии: ящерица живородящая
Земноводные: квакша дальневосточная, лягушка остромордая
Рыбы костные: ленок, таймень, хариус